Aujourd’hui, l’abri rocheux de Takarakori, situé dans le sud-ouest de la Libye, offre une vue sur des dunes de sable infinies et des roches arides. Mais il y a 7 000 ans, cette région du Sahara était bien plus verdoyante et hospitalière.
Des scientifiques cherchent actuellement à comprendre les origines des habitants du « Sahara vert », après avoir réussi à reconstituer pour la première fois l’intégralité du génome de deux femmes enterrées à Takarakori.
À cette époque reculée, la région ressemblait à une savane luxuriante, parsemée d’arbres, de lacs et de rivières permanentes, abritant de grands animaux tels que l’hippopotame et l’éléphant.
Elle était aussi le foyer de communautés humaines primitives, dont 15 femmes et enfants dont les restes ont été retrouvés dans cet abri rocheux. Ces peuples vivaient de la pêche et de l’élevage de moutons et de chèvres.
« Nous avons commencé par ces deux squelettes car ils étaient très bien conservés, avec de la peau, des ligaments et des tissus encore présents », explique Savino di Lernia, co-auteur de l’étude publiée mercredi dans la revue Nature.
C’est la première fois que des chercheurs parviennent à séquencer un génome complet à partir de restes humains retrouvés dans un environnement aussi chaud et sec, précise Di Lernia, professeur à l’université de la Sapienza à Rome.
Une population ancienne et isolée
Les analyses génétiques ont révélé une surprise : les habitants du Sahara vert formaient un groupe génétiquement isolé, présent dans la région pendant des milliers d’années.
Les premières fouilles à Takarakori ont commencé en 2003. « Nous avons trouvé la première momie dès le deuxième jour de fouilles », se souvient Di Lernia. « En retirant un peu de sable, nous avons vu une mâchoire. »
Le petit groupe installé là pourrait être issu des premières grandes vagues de migration humaine hors d’Afrique, il y a plus de 50 000 ans.
Mais selon Harald Ringbauer, co-auteur de l’étude et chercheur à l’Institut Max Planck pour l’anthropologie évolutive (Leipzig), découvrir une lignée génétique aussi isolée est très rare, surtout comparé à l’Europe où le mélange génétique est plus fréquent.
Les auteurs de l’étude en concluent que, malgré des conditions autrefois favorables, cette région du Sahara n’a probablement pas servi de corridor migratoire entre l’Afrique subsaharienne et l’Afrique du Nord.
Un pastoralisme transmis par la culture
Des analyses précédentes de peintures rupestres et de restes animaux avaient suggéré que les peuples du Sahara étaient des éleveurs de moutons, de chèvres ou de bovins, ce qui avait poussé certains à penser qu’ils étaient venus du Proche-Orient, où l’agriculture a vu le jour.
Mais l’étude actuelle remet cette hypothèse en question : étant donné l’isolement génétique des habitants de Takarakori, les chercheurs suggèrent que l’élevage n’est pas venu avec des migrants, mais par échange culturel avec d’autres groupes.
« Nous savons désormais qu’ils étaient isolés génétiquement, mais pas culturellement », explique Di Lernia. « On retrouve des poteries provenant de différentes régions : de l’Afrique subsaharienne, de la vallée du Nil…»
Il ajoute : « Ils possédaient une lignée très ancienne, héritée sans doute du Pléistocène – une époque qui s’est terminée il y a environ 11 000ans –, ce qui mérite d’être exploré davantage.»
Des traces génétiques uniques
Louise Humphrey, chercheuse au musée d’Historie naturelle de Londres (et non impliquée dans l’étude), confirme ces conclusions : les femmes enterrées à Takarakori, il y a environ 7 000 ans, présentaient une lignée génétique nord-africaine ancienne, encore inconnue jusqu’ici.
Humphrey a travaillé sur d’autres sites comme la grotte de Taforalt au Maroc, où des chasseurs-cueilleurs ont été inhumés il y a 15 000 ans. Elle estime que les recherches futures, mêlant archéologie et génétique, pourraient éclairer les migrations humaines et les changements culturels dans la région.
De son côté, Christopher Stojanowski, professeur d’archéologie biologique à l’université d’État de l’Arizona, relève l’un des résultats les plus intrigants : la taille estimée du groupe, relativement importante, et l’absence de signes de consanguinité.
« Cela suggère une certaine mobilité et des contacts avec d’autres groupes, ce qui contredit en partie l’idée d’une population totalement isolée dans le Sahara vert », dit-il.
Extraire de l’ADN ancien dans le désert : un exploit
Pendant des années, les scientifiques ont étudié les squelettes et les artefacts de Takarakori, mais extraire de l’ADN s’est révélé extrêmement difficile.
En 2019, ils ont réussi à isoler l’ADN mitochondrial, transmis par la lignée maternelle. Mais ce fragment restait insuffisant pour reconstituer toute l’histoire génétique.
« Les échantillons ont été envoyés à Leipzig », raconte Ringbauer, spécialiste de l’analyse génétique par algorithmes. « Grâce à des méthodes perfectionnées, nous avons pu extraire une quantité suffisante d’ADN à partir de résidus infimes. »
L’ADN ancien est souvent fragmenté, dégradé ou contaminé, et se conserve mal dans les climats chauds comme celui du Sahara. Pourtant, l’équipe de l’Institut Max Planck est parvenue à extraire assez de matériel génétique pour reconstituer les génomes complets des deux femmes, révélant ainsi une image bien plus riche de leur héritage génétique.
« Le génome complet contient l’ADN de nombreux ancêtres », explique Ringbauer. « En progressant dans le séquençage, on découvre différentes branches de son arbre généalogique. » « Un seul génome raconte l’histoire de beaucoup d’êtres humains.»
